A pályaműről a Tervbírálati jegyzőkönyvben a következők olvashatók: „… Az alaprajzi elrendezés már az első megtekintésre megkapó. … A programmban kívánt helyiség mind kényelmesen el van helyezve. … Csak az sajnálatos, hogy a tervező a homlokzatok kiképzésére, illetőleg ábrázolására nem fordított több gondot. A választott motívumok nagyon érdekesek, csakhogy a tervezethez tartozó homlokzatrajzokból a laikus éppen nem birná kiolvasni.

A Földtani Intézet vezető geológusai is idegenkedtek az új stílustól – „a contemplált külső a földtani intézet komolyabb jellemének, inkább exakt tudományos gyűjteményeinek nem igen felel meg”. Végül azonban az építészek véleménye bizonyult döntőnek. Pedig Lechner pályatervében a geológusok által kifogásolt egyik elem, a főhomlokzat még sokkal egyszerűbb és visszafogottabb volt, mint amit végül a kiviteli tervekre rajzolt. A végleges terven a középrizalit hangsúlyosan előreugrik és az épület vízszintes tagolásának megváltoztatásával az karcsúbbnak, magasba törőbbnek tűnik. Így az eredeti tervekben szereplő szerény, már-már visszahúzódó főhomlokzat végül lenyűgözővé vált.

Az építkezés Hauszmann Sándor építész vezetésével 1898. február 9-én kezdődött el. Az építkezés alatt számtalan kisebb-nagyobb gond adódott, a pénzügyi nehézségektől kezdve a tetőcserepek színének rossz megrendelésén át az intézet kertjébe ültetendő rózsa¬fajok kiválasztásáig. A nagyvonalú mecénás, Semsey Andor nagyon sok segítséget nyújtott az építkezés alatt is: nagyméretű múzeumi szekrényeket csináltatott, ő vette az intézet első telefonkészülékeit, elektromos óráját és még a gondnok takaréktűzhelyének megvásárlására is volt gondja. Végül az intézet palotája alig több mint másfél év alatt, 1899. október 1-re épült fel. A költözéskor az intézet 1760 ládányi gyűjteményének, 250 szekrényének, laboratóriumi felszerelésének és a nagyméretű ásvány- és kőzettuskók szállítására 147 kocsifuvarra volt szükség.

A Földtani Intézetet 1900. május 7-én nyitotta meg Darányi Ignác földmívelésügyi miniszter. Néhány héttel később, május 29-én Ferenc József is látogatást tett az új intézetben. Az uralkodónak különösen a gyűjtemény nyerte el tetszését: „Rendkivül érdekes és tanulságos ez az intézet. Azt hiszem, hogy kevés ilyen szép gyüjtemény van!” A király a tervezett negyedórás látogatása helyett háromnegyed óra hosszat töltött az intézetben. Ferenc József később is nagyon megdicsérte a gazdag gyűjteményeket és a palotát is: „A palota nagyon szép – belülről. Kívülről nagyon kiáltó a szecesszió.”